１次締め切りの事業者で、根抵当権が問題で交付決定が取り消されている問題が発生しております。
これは以下の文で公募要領に記載がありますが、改築前から設定されている場合も対象となることが、
事務局から回答がありました。この件については、公募要領に明確に記載がないことは事務局も認めております。

＜公募要領抜粋＞

最補助事業により建設した施設等の財産に対し、抵当権などの担保権を設定する場合は、設定前に、事前に事務局の承認を受けることが必要です。補助事業遂行のための必要な資金調達をする場合に限り、担保権実行時に国庫納付をすることを条件に認められます。なお、補助事業により整備した施設等の財産に対して根抵当権の設定を行うことは認められません。

結論としては、
・根抵当権が以前から設定されている物件の改築は認められない
・補助金が支給されたあとに、物件に根抵当件が設定されて場合も補助金が没収になる
・通常の抵当権設定の場合、国庫納付を条件に認められます。
ただし、補助金事務局に事前承認を得たあとでないと、抵当権を設定できないので、既に設定されている場合は、一度抵当権を外し、
承認後に抵当権を設定する手続きが必要になります。